长安有一书生方栋，天资聪慧，颇有才名，然率性风流，举止轻佻，常到街上或到郊外去窥视过路美女，一看见让自己心动的，便忍不住要跟上去，偷偷摸摸很是猥琐。
清明节的前一天，他在城郊看见几个漂亮婢女各自骑马紧随一辆极为华美的马车缓缓前行，其中一位骑小马的长得尤为漂亮，一时飘飘然不自觉的脚已经跟了上去。而走近一些后，又发现马车侧窗的帘子竟是开着的，里面坐着一位十五六岁的红妆女郎，貌若天仙一般，较之刚才马上婢女，更是生平之所未见。只一眼，便觉浑身一阵酥颤，魂灵儿早已飘在半天，一时瞻恋不舍，或前或后，不知不觉地跟着马车跑了好几里路。
女郎将一婢女唤到窗前，说道：“还是替我把这帘子放下吧。不知哪里来的书生，跟在后面偷窥不止，讨厌死了，快将他赶走。”婢女听了连忙下马替主子将窗帘放下，转而对方先生斥道：“此乃芙蓉城七公子爱妃归宁车仗，岂容贼眼亵渎。”说完抓起一把尘土向他扬去。方先生一不注意，立时被沙子眯了眼睛，待到忍痛勉强睁开时，路上车马早已消失无迹了。惊奇之余，颇感遗憾，但也只好作罢回去。
自此眼睛一直不舒服，让人拨开眼皮一看，才发现两眼各长了一层翳子。到第二天，翳子越长越大，堵在眼睛里极为痛苦，直惹得眼泪肆意奔流。数日之后，左眼翳子已经厚如铜钱，而右眼竟长成了螺旋状，像个田螺。虽已延医治疗，无奈百药无效。方先生懊闷欲绝，每每回想起当日之事，便自责忏悔不已。后来听说《光明经》能够化解苦难，于是寻来一卷，请人日夜教授念诵。一开始极不适应，每一念诵，便觉烦躁不安，但久而久之，也渐渐的习惯了。之后每天什么事都不做，惟趺坐念经。
如此过了一年，万缘俱净，什么都看得开看得淡了。一日忽闻左眼中一个很小的声音说道：“如此漆黑一片，真是烦死人了。”随即右眼中便有小语回应：“不如一同出去散散心出此闷气。”话音刚落，未及遐想，便觉鼻孔里奇痒难耐，似乎有两个什么东西爬了出去，过了很久才又回来，仍从鼻孔进去，一直回到眼眶里。一个声音说：“许久不见园子，不想满园兰花竟都枯死了。”方先生素爱兰花，故在园中种了许多，之前自己每日浇灌，自失明之后，力不从心，也就只好听之任之了。
此时听到小瞳人的话，不觉一阵感伤，忙将其妻唤来责问。其妻听了诧异，问他是怎么知道的。他遂以小瞳人事告知。其妻大感惊奇，欲知所谓小瞳人究为何物，自此就在屋里躲着，等了许久，忽见两个小人从方先生鼻孔里飞下来，出门扬长而去，随后又一起回来，如蜜蜂进巢般飞进了鼻孔。如此过了二三日。忽又听见左小人说：“每次都要走那隧道太不方便，不如将这已经堵上的门再重新打开吧。”右小人说：“我这边皮太厚了，打不开。”左小人又说：“没事，我这还行，打开后，你我不妨同住。”话音未落，只觉眼皮内侧隐隐似有抓裂之感，随后豁然一亮，左眼复明，一时喜不自胜，忙唤来妻子一同分享喜悦。其妻细看其左眼，见翳子已被打开一个小洞，洞里瞳仁荧荧泛着幽光。到第二日，翳子尽消，仔细一看，左眼眶里竟有两个瞳仁，而右眼则仍像个田螺。回想昨日所听到的对话，知是两瞳人已合居一处。右眼算是彻底瞎了，但有此重瞳之目，眼神却比双目完好之人还要好几倍。而方先生自此也更是收束检点，以其才学，渐渐德名远扬，声望甚高。